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自然資源部海島研究中心是中央編辦批準設立的自然資源部直屬正局級事業(yè)單位，為國家公益一類綜合型海島科學研究與業(yè)務支撐機構。主要從事海島戰(zhàn)略規(guī)劃政策研究與資源生態(tài)調查監(jiān)測評估、自然資源確權登記、生態(tài)保護修復及國際合作等業(yè)務，承擔國家海島管理數(shù)據(jù)庫、物種種質資源庫與海島科技平臺建設工作，為全國海島保護利用管理提供支撐和保障。

海島是壯大海洋經(jīng)濟、拓展發(fā)展空間的重要依托，是保護海洋環(huán)境、維護生態(tài)平衡的重要平臺，是捍衛(wèi)國家權益、保障國防安全的戰(zhàn)略前沿。海島地理位置特殊，海島保護與利用類型多，涉及面廣，且國內(nèi)海島研究處于起步階段，亟需一個專門機構為海島研究工作提供技術支撐。

2011年6月，時任原國家海洋局局長劉賜貴一行到平潭綜合實驗區(qū)調研，提出依托國家海洋局第三海洋研究所在平潭設立海島中心，建成立足平潭島、服務海西和全國海島的綜合性海島科研機構。同年11月，福建省海洋與漁業(yè)廳就此項工作進展向福建省委、省政府做專題匯報，時任省委書記孫春蘭、副省長倪岳峰分別做出重要批示，要求地方政府協(xié)助做好相關工作。

2012年1月4日，時任原國家海洋局副局長陳連增主持對建設海島中心事項進行專題研究。2月13日，劉賜貴局長在貫徹落實《平潭綜合實驗區(qū)總體發(fā)展規(guī)劃》座談會上明確表示支持在平潭設立海島中心。同年8月17日，海島中心正式獲中央編辦批準設立。10月，原國家海洋局與福建省政府簽訂了《關于建設國家海洋局海島研究中心的協(xié)議》，海島中心建設與發(fā)展步入正軌。

海島中心位于福建省平潭綜合實驗區(qū)海壇島東南部，壇南灣田美澳沙灘北側，總體規(guī)劃用地面積為7.3萬平方米（約109.5畝），規(guī)劃總建筑面積為6.87萬平方米，依托平潭綜合實驗區(qū)獨特的區(qū)位優(yōu)勢，在自然資源部和福建省人民政府的大力支持下，力爭建成集科學研究、生態(tài)保護、國際交流、科普教育為一體的科研業(yè)務基地。

海島中心現(xiàn)設有辦公室（財務資產(chǎn)處）、組織人事處（紀委辦公室）、政策規(guī)劃與國際合作處、調查登記與監(jiān)測評估處、保護修復與防災減災處5個部門。主要職責是：

（一）承擔全國無居民海島保護利用管理業(yè)務支撐。承擔用島項目的技術審查、使用金評估與開發(fā)利用后評估工作。承擔特殊用途海島保護管理的技術指導、數(shù)據(jù)匯總與評估。

（二）承擔海島保護利用戰(zhàn)略規(guī)劃、法律法規(guī)、政策制度、標準規(guī)范的研究工作。

（三）承擔全國海島資源生態(tài)調查監(jiān)測評估的業(yè)務組織與質量管理工作，承擔國家海島管理數(shù)據(jù)庫的建設與運行。

（四）承擔全國無居民海島自然資源確權登記業(yè)務支撐及相關成果變更、更新等工作。

（五）承擔海島生態(tài)系統(tǒng)和生物多樣性保護修復技術支撐，開展海島海岸帶生態(tài)狀況與保護修復效果評估。承擔全國海島物種登記和典型物種種質資源庫、標本庫的建設與運行。

（六）承擔海島海岸帶應對氣候變化與防災減災技術支撐。開展海島海岸帶生態(tài)產(chǎn)品價值實現(xiàn)、生態(tài)補償機制研究。

（七）承擔海島地區(qū)社會經(jīng)濟發(fā)展監(jiān)測評估與咨詢服務，編制發(fā)布全國海島可持續(xù)發(fā)展報告。承擔全國海島聯(lián)席會議組織協(xié)調工作。

（八）開展海島領域相關國際交流與合作。承辦中國-島嶼國家海洋高層論壇及相關工作，推動構建海島藍色伙伴關系。承擔全球海島治理相關信息的研究分析與決策支撐。承擔海島科學研究工作和科技創(chuàng)新平臺建設。

（九）承辦部交辦的其他任務。